从2004年7月1日起，普通发票的发票代码和发票号码开始全国统一分类编制。发票代码为12位数字：第1位代表国家税务局或地方税务局代码，“1”代表国家税务局、“2”代表地方税务局”，“0”为总局。第2、3、4、5位为地区代码（地、市级），以全国行政区域统一代码为准，总局为0000。第6、7位为年份代码。第8位为统一的行业代码。第9、10、11、12位为细化的发票种类代码，按照保证每份发票编码惟一的原则，由省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局自行编制。2015年12月1日推行的增值税电子普通发票，没有使用条件的小规模纳税人，可继续使用此类普通发票。

从2005年8月1日起，增值税专用发票防伪税控系统升级，一般纳税人使用的普通发票也必须通过防伪税控系统开具，其使用的普票发票随之改版（未使用防伪税控系统的小规模纳税人，继续使用原来的普通发票）。发票代码由原先的12位调整为10位，与专用发票的保持一致：

第1-4位代表省、自治区、直辖市和计划单列市。

第5-6位代表制版年度。

第7位代表批次。

第8位代表发票种类。“1”表示专票，“2”表示货运专票(2014年8月1日之前为“7”，2016年1月1日停用)，“3”表示普票（2014年8月1日之前为“6”）

第9位代表几联发票。

第10位代表发票的金额版本号。分别用1、2、3、4表示万元版、十万元版、百万元版、千万元版，用“0”表示电脑发票。

从2015年12月1日起，开始推行增值税电子普通发票，可以在防伪税控系统上开具，代码为12位：

第1位为0，第2-5位代表省、自治区、直辖市和计划单列市，第6-7位代表年度，第8-10位代表批次，第11-12位代表票种：

“11”代表增值税电子普通发票，开始于2015年12月1日。

“06”代表57mm×177.8mm增值税普通发票（卷票）、“07”代表76mm×177.8mm增值税普通发票（卷票），开始于2017年1月1日。

“04”代表二联增值税普通发票（折叠票）、“05”代表五联增值税普通发票（折叠票），开始于2018年1月1日。

“17”代表二手车销售统一发票，开始于2018年4月1日。

“12”代表通行费电子发票，开始于2020年5月6日。

从2020年9月1日起，增值税电子专用发票（简称电子专票）开始在部分地区试行，专票代码由10位调整为12位，编码规则与电子普通发票相同：第11-12位为“13”的，代表电子专票。